Ministero della Salute
La governance di PNE è costituita da una struttura tecnico-scientifica e organizzativa che comprende:
- la Direzione scientifica, costituita all’interno della Direzione generale di AGENAS e composta dal Coordinatore delle attività, dal Responsabile tecnico e dalla Segreteria del PNE.
- il Comitato Nazionale del Programma Nazionale Esiti (Regolamento 
PDF), istituito il 3 agosto 2017, che fornisce supporto tecnico-scientifico all’attività PNE e propone integrazioni o modifiche ai contenuti, agli indicatori e alle metodologie del PNE. Esso è presieduto dal Direttore generale di AGENAS ed è composto da: il Coordinatore delle attività del PNE, il Responsabile tecnico, un rappresentante designato dalla Regione Veneto, in qualità di Ente capofila del progetto interregionale “Portale per la trasparenza dei servizi per la salute”. Fanno, inoltre, parte del Comitato: tre rappresentanti delle Direzioni Generali del Ministero della Salute, un rappresentante dell’Istituto Superiore di Sanità (ISS), un rappresentante dell’Agenzia Italiana del Farmaco (AIFA), un rappresentante dell’Osservatorio Nazionale della Formazione Medico Specialistica presso il Ministero dell’Istruzione, dell’Università e della Ricerca (MIUR), esperti designati da AGENAS. Ogni Regione e Provincia Autonoma ha designato un proprio referente. È prevista la partecipazione di un rappresentante di Cittadinanzattiva.
- il Gruppo Tecnico Scientifico (Regolamento PDF) che garantisce la funzione tecnico-scientifica di PNE.
- il Centro di riferimento operativo che si occupa di progettazione, gestione, disegno, analisi dati e gestione sito web PNE.